Una rápida e intrépida consulta con el Sr Google me dio como resultado una entrada de la bitacota de Yonderboy donde nos explica como solucionar este problema.
Todo esto viene ya que Ubuntu/Kubuntu trabajan en UTF-8, así pues se instala el paquete "latex-ucs" y posteriormente colocar en el documento LaTeX:
\usepackage{ucs}
\usepackage[utf8]{inputenc}
que sustituye a:
\usepackage[latin1]{inputenc}
Con esta pequeña receta se realizan los documentos en LaTeX perfectamente.